玩忽职守罪是指国家机关工作人员玩忽职守，致使公共财产、国家与人民利益遭受重大损失的行为。
妨害传染病防治罪，是指违反传染病防治法规定，造成甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。
两个罪名的区别主要表现在：
1、保护的法益不同
前者涉及的是国家机关的正常管理活动，后者则是国家有关传染病防治的管理规定和公共卫生安全。
2、构成要件行为不同
前者泛指严重不负责任、不履行责任和不正确履行职责的行为，后者仅指刑法第330条规定的四种情形。
3、犯罪主体不同
前者是特殊主体，即国家机关工作人员，也就是在国家机关中从事公务的人员，后者是一般主体，即达到刑事责任年龄、具备刑事责任能力的自然人均可构成。此外，后者还可由单位构成。
4、构成要件结果不同
前者必须是公共财产、国家利益和人民利益遭受较大损失，后者是引起甲类传染病传播或有严重传播危险。也就是说，前者只能是实害犯，后者既可以是实害犯，也可以是危险犯。
