传染病防治失职罪指从事传染病防治的政府卫生行政部门工作人员严重不负责任，导致传染病传播或流行，情节严重的行为。
妨害传染病防治罪，是指违反传染病防治法规定，造成甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。
两罪都是违反了传染病防治法的规定，都可能造成传染病传播危害结果，主观上都是过失。
二者的区别主要表现在：
1、保护的法益不同
前者侵犯的是单一客体，即国家有关传染病防治的管理规定，后者侵犯的是复杂客体，即国家机关的正常活动和国家有关传染病防治的管理规定。
2、构成要件行为不同
前者表现为刑法第330条规定的四种情形，后者表现为工作严重不负责任，导致传染病传播或流行。
3、犯罪形态不同
前者是结果犯，包括实害犯和危险犯两种情形，后者是情节犯。
4、犯罪主体不同
前者是是一般主体，即达到刑事责任年龄、具备刑事责任能力的自然人均可构成。此外，前者也可由单位构成。后者特殊主体，即从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员，以及2003年5月15日“两高”《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第16条第1款规定的其他有关人员。
