妨害公务罪是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的行为。妨害传染病防治罪，是指违反传染病防治法规定，造成甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。
两个罪名都是在“妨害社会管理秩序罪”这一章。但是，妨害公务罪与妨害传染病防治罪（就第四种情形而言，即“拒绝执行卫生防疫机构依照《传染病防治法》提出的预防、控制措施的”）的区别主要表现在：
1、保护的法益不同
前者要保护的法益是国家机关依法执行职务的活动，后者则是国家有关传染病防治的管理规定和公共卫生安全。
2、行为方式不同
前者必须是暴力、威胁方法，后者既可以是暴力、威胁方法，也可是非暴力、威胁方法。
3、犯罪样态不同
前者只能是积极的作为形式，后者既可以是积极的作为形式，也可以是消极的不作为形式。
4、构成要件行为不同
前者表现为暴力、威胁方法阻碍国家机关依法执行职务的行为，后者表现为刑法第330条规定的第四种引起甲类传染病传播或有严重传播危险的行为。
5、犯罪主体不同
前者只能是自然人，后者既可以是自然人，也可以是单位。
6、主观构成要件不同
前者是直接故意，后者是过失，包括疏忽大意的过失和过于自信的过失。另外，使用暴力阻碍国家卫生行政管理机关工作人员执行传染病防止工作的，同时构成本罪和妨害公务罪，成立想象竞合犯，择一重处。
