侵犯的对象范围不同。挪用特定款物罪侵犯的对象限于用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物；挪用公款罪侵犯的对象限于公款。
行为表现不同。挪用特定款物罪表现为行为人利用职务上的便利，实施了将救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物挪作其他公用事项，情节严重，致使国家和人民群众利益遭受重大损害的行为；挪用公款罪表现为行为人利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大，进行营利活动的，或者挪用公款数额较大，超过3个月未还的行为，是将公款挪用归个人使用的行为。
主体不同。挪用特定款物罪的主体限于在国家机关中经管、支配救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物的人员，即挪用特定款物的直接责任人员；挪用公款罪的主体是国家机关、国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员。
主观方面不同。挪用特定款物罪的行为人是意图将用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物挪作其他公用事项，如用于生产经营、修建楼堂馆所、购买高级汽车和办公设备等；挪用公款罪的行为人是意图将公款转归个人使用。根据刑法第384条第2款的规定，挪用救灾、抢险、防汛、优抚、移民、救济、款物归个人使用的，以挪用公款罪从重处罚。
