环境监管失职罪的主体只能为国家机关工作人员，及虽不是国家机关人员，但代表国家机关行使环境监管职责的国家机关中从事公务的人员；而重大责任事故罪的主体却是工厂、矿山、林场、建筑或者其他企业、事业单位的人员。
环境监管失职犯罪只能发生在国家机关的环境监管活动过程中；而重大责任事故罪却是发生在生产作业过程中。
环境监管失职罪往往表现为行为人严重不负责任，不履行或者不认真、不正确履行法律所赋予的环境监管职责；而重大责任事故罪，则一般表现为行为人不服从管理、违反规章制度，或者强令工人违章冒险作业。
环境监管失职罪侵犯的客体是国家机关的正常管理活动，重大责任事故罪所侵犯的客体则是社会公共安全。
